1998年5月29日の学長懇談会や農学部教授会において村山学部長の説明等によれば、桂学長の考えは、以下の通りと考えられる。
Y助教授に対する新たな処分は、二重処分に当たり、一事不再理の原則に反する。
従って、本委員会での議論では「新たな処分が一理不再理に反するか否か」が焦点となると考えられる。
・ 1995年1〜2月、留学生は、Y助教授の性的暴力（レイプ未遂を含む）、データ捏造、違法違反実験を、まず農学部に、その後全学に訴えた。
・ 全学で性的嫌がらせ疑惑調査委員会と違法違反実験調査委員会の二つが設置された。Y助教授は、実験ノートという証拠があるために違法違反実験については認めたが、性的暴力については一貫して否認し続けた。性的嫌がらせの委員会は、「大学における調査権限には制約と限界がある」として、性的嫌がらせがあったかどうかは不明という結論を評議会に報告した。尚、データ捏造については鹿児島大学大学院連合に調査を任せ、琉大はこれまで何も調査を行っていない。
・ 1995年4月13日の評議会で、（1）違法違反実験（2）性的嫌がらせを受けたと留学生から訴えられたことの二点を理由にY助教授を戒告処分にした。
・ このような大学の対応によって追い込まれた留学生は、1995年6月21日、本件を那覇地方裁判所に提訴した。
・ 1998年3月27日、本件の判決が言い渡され、（1）性的暴力（レイプ未遂を含む）、（2）データ捏造、（3）違法違反実験の事実が公に認定された。その14日後、Y助教授の控訴はなく、判決は確定した。
・ 1998年6月11日農学部教授会は「Y助教授に対し懲戒免職処分が相当」との結論を圧倒的多数で可決した（賛成43、反対8、白票2）。
・ 1998年6月15日、臨時評議会で、新たな処分の法的問題を検討するための調査委員会（12名メンバー）が設置された。
一事不再理には、以下の二つの内容がある。
（1）二重危険の禁止
（2）二重処分の禁止
「二重危険の禁止」とは、ある一つの事件で被告人を二度危険な状対においてはならないとするものである。ここで言う「危険」とは、主として刑事上の問題で、被告人を逮捕、取り調べの状態などにおくことを言う。
3年前の大学の調査は、Y氏本人の任意に基づくものであり、何ら強制力を持たず、「危険」の内容に入らない。前述の通り、調査委員長も「大学の調査権限の限界」を表明している通りである。
「二重処分の禁止」とは、一つの非行行為で二度処分してはならないということである。
前回の処分理由
（1）違法違反実験
（2）留学生から性的嫌がらせを受けたと訴えられたこと。このような事態を引き起し、社会の疑惑を招いたこと。 以上の二点は、公務員の服務義務に反し、官職の信用を著しく傷付けた。
新たな事実
（3）性的暴力（レイプ未遂を含む）
（4）データ捏造
上記の（3）の性的暴力の事実が、前回の処分理由の（2）の「（性的嫌がらせの訴えが出される）ような事態を引き起し」に含まれているか否かが争点となる。
調査報告書では「不明」としているのであり、それを受けての評議会決定であるので、上記の（3）が含まれたとは考えにくい。
今回の判決は、留学生に対する「人格権の侵害」を認定している。前回の処分では「官職の信用を著しく傷付けた」ことを理由にしているが、「大学で生じた人格権の侵害」という最も重要な点は、処分理由にしていない。
また、（1）の違法違反実験については、3年前の処分では、管理者としての責任を問われただけである。最も重要な点は、違法違反実験が留学生の博士論文指導およびおよび修士学生の修論指導の過程で行われたということである。この点についての処分についても、今回は考えるべきである。
何よりも明白なのは、（4）のデータ捏造についての処分については、琉大では、これまで一度も審議さえしていないということである。3年前、砂川学長も「大学院連合の調査結果が出れば別途検討する」旨のことを言っている。どの様な理由を持って来ようとも、データ捏造についての処分を行わないということはできない。
データ捏造は、モラルの問題であり、日本の大学でデータ捏造の事件が生じた場合、表に出る前に本人が辞職するか、表に出てしまったらすぐに辞職した例が多い。
今回の場合の特徴は以下の通りである。
・ データの捏造が裁判という公の場で認定された。
・ 指導している学生を巻き込んでの捏造事件であり、教育の場で行われた。
・ Y助教授のデータ捏造とそれを学位論文に入れるよう指導されたことにより、留学生はその学位が全て駄目になり、新たに3年かけて全く別のテーマで学位を取らなければならなかった。
以上の様にY助教授の行為の内容はあまりにもひどい。研究者、教育者にとってデータ捏造は最も基本的モラルの欠如を示すものであり、前例が無くても、データ捏造だけでも「懲戒免職処分」を課すことができると考える。琉大が、データ捏造だけでも懲戒免職処分に相当するを表明すれば、データ捏造等に対する琉大の厳しい態度を示す良い前例を作ることになる。
社会の常識では、レイプ未遂の行為があれば、即、懲戒免職処分である。これは、大学においても当然であり、多くの法律家も認めるところである。また、前例も多い。
上記の争点からすると必要な資料は以下の三点である。
・ 3年前の処分説明書
・ 性的嫌がらせに関する全学調査報告書
・ 去る3月27日に言い渡された判決文
国家公務員法には、処分説明書説の交付の項があり、それについての人事院判定（昭39．10．31 人指 3−22）には、「およそ懲戒処分において問責の対象となる事実は、処分を行おうとする際にはすでに特定されていなければならないものであり、処分時に考慮されていなかった事実を処分後に新たに処分理由に追加するごときは、懲戒処分の本旨にもとるものといわなければならない。」と規定し、処分時に明らかになった事実のみが処分理由であると明確に規定している。
3年前の処分の際に明らかになった事実は上記の報告書を見れば分かるし、さらに、処分の理由は上記の処分説明書に記述されている。よって、この両者に、特に大部分を処分説明書に基づいて議論することが不可欠である。
行政法の一般理論においては、行政処分一般についての職権による取消しと撤回が一定要件のもとに認められており、逐条国家公務員法（学陽書房、1988年）664ページによれば「処分が著しく客観的妥当性を欠き明らかに条理に反する場合あるいは、重大な事実の誤認のある事が処分後明らかになった場合、当該懲戒処分を取り消した後、同一事件について改めて適正な認定に基づいて前の懲戒処分より軽いあるいは重い処分を行うこともできる」とされている。
これも一つの選択肢として考慮すべきである。
今回の事件の特徴は、加害者が、明白な証拠のある違法違反実験以外の行為について一徹して否認していることである。これに対し、3年前、大学は「調査権限の限界」を理由に「不明」の結論を出した。
仮に、今回、評議会が新たな処分不可、あるいは軽い処分の決定を行えば、大学は今後に大きな禍根を残すことになる。同様の事件が大学で起きた場合、加害者はY助教授と同様、以下の手段を用いるであろう。
加害者の否認。- 大学の調査、「不明」の結論に基づき、処分無しか、軽い処分 - 被害者は民事訴訟あるいは刑事告訴。 - 判決で新たな事実の判明。- 大学、新たな処分は行えず。
このような事態になれば、どの様な防止策（たとえばセクシャルハラスメント防止のための指針など）も、役立たずになってしまうであろう。また、被害者は泣き寝入りせざるを得なくなり、勇気ある告発はなくなってしまう。恐ろしいことではないか。
この事件が3年に渡りマスコミに取り上げられ、大学の信用を失墜させた最大の理由は、データ捏造について琉大が自ら調査しなかったこと、および性的嫌がらせ疑惑調査委員会が判断を避けたことである。性的嫌がらせがあったかどうかの判定は、その行為が相手に歓迎されたか否かによる。Y助教授もキスなどの事実は認めている（ただしレイプ未遂に相当する行為は否定）のであるが、留学生の気持ちがどうであったかをより詳しく調べるべきであった。留学生は、レイプ未遂などの性的暴力の後の早い時期に同じ研究室の助手や教授、大屋学部長（当時）に訴えており、今回の判決では、それらを理由に歓迎されていない行為であり、「人格権の侵害」と認定したのである。
また、Y助教授は、農学部や全学の調査委員会に膨大な量の偽の内容の証言を行いまた偽の文書を提出した。これは、大学の調査を大いに混乱させた。この罪も、今回処分の対象にすべきではないか。
何よりも、性的嫌がらせ疑惑調査委員会がセクシュアル・ハラスメントについての正しい認識を持たず、判断を行わなかったことが最大の問題点であるといえる。
本事件の被害者の救済に対して、琉大がほとんど配慮して来なかったことは以下の事例からも明らかである。
・ 3年前、性的嫌がらせ調査委員会は、セクシュアル・ハラスメントの正しい認識を持たず、「不明」の結論を出した。違法違反実験についての調査報告もY助教授の弁解にその記述の多くを割いていた。
・ データ捏造については分離し、三件を一括して処分を行わなかった。
・ 以上の結果として、今回の判決内容から見れば、あまりにも軽すぎた内容の処分を行った。
・ 法文学部の法律を専門とする教授を中心とした、留学生についての悪質なデマ活動を琉大は放置し、何の対策も取らなかった。
・ データ捏造か否か不明の時点において、データ捏造の疑いのあるデータが入っているとして、学位論文の全てが取り消された。留学生は、全く新しいテーマで学位論文研究に取り組み、さらに3年間を費やした。
・ その3年間、授業料免除、奨学金等何ら援助無しに、留学生は、学業を続けた。
また、1995年3月、寮からも出された。それに対し、琉大は何の配慮もして来なかった。
・ 今回の判決が下された後も、琉大当局は「新たな処分無し」を表明し、学内で生じた留学生の人格権侵害という最も重要な問題に対し、非常識な対応を行った。
・ 判決後の今日まで、琉大は留学生に対し何ら謝罪を行っていない。
以上の琉大の対応を見ると、琉大は、留学生の救済の配慮に欠けていたというより、むしろ留学生の人格権の侵害に手を貸していたと言うべきであろう。
社会常識から言えば、今回の判決に対して琉大が取るべき対応は、以下の点につきる。
農学部教授会の6月11日の決議を即実行すべし。これが、現在評議会が考えるべき原点である。
今回の判決は、3年前の琉大の処分内容が大変な誤りであったことを明確に示した。評議会は3年前の処分誤りについても審議をすべきであるが、何よりも優先すべきは上述の社会常識である。
「3年前の処分において琉大に誤りがあったので、今回新たな処分はできない、あるいは軽い処分しかできない。」という結論は、許されるものではない。
去る6月15日の評議会で設置された調査委員会は、「社会常識である農学部教授会の決議をどう実行に移すか」という視点を持って法律面からの検討を行うべきである。
・速報2号 農学部教授会：懲戒免職処分が相当と決議('98.6) ・速報判決：違法な性的暴力・違法実験・データ捏造を認定（'98.4) 「農学部Ｙ助教授事件についての公開質問状」（'98.6.1）